同年三月，明廷又让袁崇焕担任辽东巡抚，当时的大奸臣魏忠贤派其党羽刘应坤、纪用一同前来镇守。袁崇焕上疏请求将其调离，但却遭到了拒绝。又过了不久，袁崇焕因为与大将满桂发生了矛盾，上疏请求将满桂调往别处，明廷于是召满桂回朝。经略王之臣奏书请求留住满桂，袁崇焕又因此与王之臣闹不和。明廷担心这两个人闹矛盾会影响大事，于是将两人分开，王之臣督关内，袁崇焕守关外。八月，后金军首领努尔哈赤因病去世，袁崇焕派遣使者前往吊唁，以刺探虚实。此后，袁崇焕想要和后金议和，于是自写书一封再次派遣使者前往。
天启七年（1627年）正月，皇太极同意了袁崇焕的请和，并举兵渡鸭绿江征讨朝鲜。明廷觉得袁崇焕与王之臣不能相互协作，于是将王之臣召回，不再设立经略一职，关内外尽由袁崇焕管理。趁皇太极举兵朝鲜之际，袁崇焕又派人修缮锦州、中左、大凌三城。而朝鲜和毛文龙同时向明廷告急，明廷便命袁崇焕前往救援。袁崇焕派遣水军增援毛文龙，又派左辅、赵率教、朱梅等人率领9000兵力逼近三岔河，以牵制后金军。而朝鲜倒向后金进攻毛文龙，却被毛文龙击败，后金军也被毛文龙击退，史称“丁卯之役”。